Ustawienia Opery podzielono na dwie kategorie. Pierwsza to opcje podstawowe, widoczne w panelu Ustawienia w pierwszych czterech kartach. Można tutaj zmienić zachowanie programu podczas uruchamiania, zmodyfikować stronę startową, zmienić język, czcionki, wygląd linków, włączyć i wyłączyć różne wyszukiwarki itp.
Ostatnia karta to ustawienia zaawansowane, których jest naprawdę mnóstwo. Da się tu włączyć powiadomienia dźwiękowe, zarządzać wtyczkami takimi jak Java czy Flash, zmienić opcje historii, zmodyfikować zachowanie plików cookie i lepiej chronić dzięki temu swoją prywatność, zarządzać certyfikatami czy włączyć serwer proxy.
Podobnie jak Firefox Opera dysponuje narzędziem synchronizacji. Nazywa się ono Opera Link. Umożliwia przenoszenie zakładek, ciasteczek czy ustawień między urządzeniami i szybkie konfigurowanie programu np. na wielu laptopach czy sprzęcie mobilnym.
